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segunda-feira, 20 de dezembro de 2010

ATENÇÃO MANHÃ

AS NOTAS DA TURMA DA MANHÃ JÁ ESTÃO DISPONÍVEIS NO SISTEMA. BOAS FÉRIAS & BOAS FESTAS À TODOS!
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quarta-feira, 15 de dezembro de 2010

notas

prezados todos
as notas de P2 e VEA já estão disponíveis no sistema - e referem-se a nota total da avaliação. não existe lançamento no sistema de nota parcial.
um abraço, boas férias aos que passaram direto e até semana que vem para os que farão a final
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terça-feira, 30 de novembro de 2010

SÍNTESE DE NUCLEOTÍDEOS NA ERA PRÉ-BIÓTICA

Pois bem, haviámos comentado em sala sobre o trabalho de Powner et al. (2009) sobre a síntese de pirimidinas.



Nature. 2009 May 14;459(7244):239-42.
Synthesis of activated pyrimidine ribonucleotides in prebiotically plausible conditions.
Powner MW, Gerland B, Sutherland JD.
School of Chemistry, The University of Manchester, Oxford Road, Manchester M13 9PL, UK.
Comment in:
·                     Nature. 2009 May 14;459(7244):171-2.
Abstract
At some stage in the origin of life, an informational polymer must have arisen by purely chemical means. According to one version of the 'RNA world' hypothesis this polymer was RNA, but attempts to provide experimental support for this have failed. In particular, although there has been some success demonstrating that 'activated' ribonucleotides can polymerize to form RNA, it is far from obvious how such ribonucleotides could have formed from their constituent parts (ribose and nucleobases). Ribose is difficult to form selectively, and the addition of nucleobases to ribose is inefficient in the case of purines and does not occur at all in the case of the canonical pyrimidines. Here we show that activated pyrimidine ribonucleotides can be formed in a short sequence that bypasses free ribose and the nucleobases, and instead proceeds through arabinose amino-oxazoline and anhydronucleoside intermediates. The starting materials for the synthesis-cyanamide, cyanoacetylene, glycolaldehyde, glyceraldehyde and inorganic phosphate-are plausible prebiotic feedstock molecules, and the conditions of the synthesis are consistent with potential early-Earth geochemical models. Although inorganic phosphate is only incorporated into the nucleotides at a late stage of the sequence, its presence from the start is essential as it controls three reactions in the earlier stages by acting as a general acid/base catalyst, a nucleophilic catalyst, a pH buffer and a chemical buffer. For prebiotic reaction sequences, our results highlight the importance of working with mixed chemical systems in which reactants for a particular reaction step can also control other steps.

Quentinho do forno da ciência, o grupo investe na avaliação da síntese de purinas em condições plausíveis para a era pré-biótica em um artigo recém publicado!





J Am Chem Soc. 2010 Nov 24;132(46):16677-88. Epub 2010 Nov 2.

Chemoselective multicomponent one-pot assembly of purine precursors in water.

Powner MW, Sutherland JD, Szostak JW.
Howard Hughes Medical Institute and Department of Molecular Biology and Center for Computational and Integrative Biology, Massachusetts General Hospital, 185 Cambridge Street, Boston, Massachusetts 02114, United States, and MRC Laboratory of Molecular Biology, Hills Road, Cambridge, CB2 OQH United Kingdom.

Abstract

The recent development of a sequential, high-yielding route to activated pyrimidine nucleotides, under conditions thought to be prebiotic, is an encouraging step toward the greater goal of a plausible prebiotic pathway to RNA and the potential for an RNA world. However, this synthesis has led to a disparity in the methodology available for stepwise construction of the canonical pyrimidine and purine nucleotides. To address this problem, and further explore prebiotically accessible chemical systems, we have developed a high-yielding, aqueous, one-pot, multicomponent reaction that tethers masked-sugar moieties to prebiotically plausible purine precursors. A pH-dependent three-component reaction system has been discovered that utilizes key nucleotide synthons 2-aminooxazole and 5-aminoimidazoles, which allows the first divergent purine/pyrimidine synthesis to be proposed. Due to regiospecific aminoimidazole tethering, the pathway allows N9 purination only, thus suggesting the first prebiotically plausible mechanism for regiospecific N9 purination.


Links para os artigos


http://www.nature.com/nature/journal/v459/n7244/pdf/nature08013.pdf

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2984373/pdf/ja108197s.pdf
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segunda-feira, 29 de novembro de 2010

EVOLUÇÃO QUÍMICA GRADUAL

Na década de 50, Stanley Miller demonstrou, em um experimento simples, que compostos orgânicos tais como aminoácidos, ácidos hidroxílicos, aldeídos e hidrocianeto poderiam ser espontaneamente formados a partir de uma mistura de amônia, metano, hidrogênio e vapor de água que fosse aquecida e sujeita a descargas elétricas. As moléculas simples forneceriam os átomos necessários à composição das moléculas ao passo que o calor e as descargas elétricas seriam responsáveis pela energia necessária para estabelecimento das ligações químicas. Nesta hipótese, os elementos básicos para existência de vida na forma como a concebemos (carbono, hidrogênio, oxigênio e nitrogênio) estariam disponíveis na própria atmosfera. Segundo esta teoria, a origem das moléculas orgânicas é abiótica.
Neste cenário, a evolução molecular e a transição para a vida requereram um papel preponderante da molécula de RNA, em um modelo conhecido como “mundo do RNA”. Assim, nem DNA nem proteínas foram os elementos responsáveis pelo salto da evolução, e sim a molécula de RNA, que possivelmente cumpriu simultaneamente os papéis de “primeiro gene” e “primeira enzima”. Esta linha de pensamento é corroborada pelos seguintes fatos: i) desde a década de 80 são conhecidos RNAs com poder catalítico, também chamados ribozimas e ii) diversos vírus (eg. família Retroviridae) possuem RNA como material genético. Desta forma, o sistema de codificação das informações no DNA seria posterior ao RNA.
Este modelo propõe que a informação necessária para o surgimento da vida teria se estabelecido em etapas:
1 – criação da sopa pre-biótica rica em compostos orgânicos produzidos naturalmente a partir dos elementos inorgânicos da atmosfera
2 – produção de pequenas moléculas de RNA, com seqüências aleatórias
3 – surgimento de moléculas catalíticas de RNA e replicação seletiva
4 – síntese de peptídeos específicos catalisada por RNAs – algumas moléculas de RNA seriam “específicas” para conectar aminoácidos e formar cadeias peptídicas maiores.
5 – incremento do papel funcional dos peptídeos na replicação de RNA, com co-evolução de RNA e proteínas em um sistema de seleção química por atividade funcional
6 – desenvolvimento de sistemas simples de tradução, possivelmente baseado em associação de RNA e proteínas
7 – formação de moléculas de DNA a partir do RNA, possivelmente com catalise mediada por uma molécula de RNA
8 – estabelecimento do DNA como material informacional

O recente (2009) relato da síntese de novo de pirimidinas revela uma nova perspectiva para a demonstração do surgimento da molécula de DNA e, consequentemente, da vida. A maior dificuldade, nessa hipótese, é a de aceitar que uma evolução química gradual (e casual) das moléculas presentes nos mares tenha sido responsável pelo surgimento de uma estrutura tão complexa e específica como um organismo vivo, mesmo que primitivo. Biólogos costumam rebater o argumento da seguinte forma: o aparecimento da vida dessa maneira é realmente um evento de muito baixa probabilidade; no entanto, em termos estatísticos, devido ao tempo muito longo disponível, o número de "tentativas" químicas foi praticamente infinito. Assim, o fenômeno da vida acabaria fatalmente ocorrendo, sendo apenas uma questão de se esperar o suficiente. O princípio seria o mesmo daquilo que ocorre quando se objetiva sortear uma única bola vermelha de um saco com um milhão de bolas, todas as demais pretas: se o número de tentativas for suficientemente grande, acabaremos conseguindo sortear a bola que nos interessa.
Assumindo, então, este processo gradual e ao acaso, no ambiente da sopa primordial, rica mistura de compostos orgânicos das mais variadas estruturas químicas, surgiram as primeiras formas de vida quimiotróficas. O salto evolutivo seria associado ao surgimento dos primeiros pigmentos, capazes de capturar energia da luz e fixar carbono em moléculas orgânicas. Surge, então, o autotrofismo. Supõe-se que o doador de elétrons primário tenha sido o H2S, e que o sistema tenha evoluído para o uso da água, com liberação de oxigênio. Estes processos iniciais surgiram em um ambiente com pouco oxigênio molecular, sendo, então, basicamente processos anaeróbios. O aumento da concentração de oxigênio na atmosfera representou outro salto evolutivo, já que o O2 é um potente oxidante e um veneno letal para os anaeróbios. Além disso, o rendimento energético da oxidação total de compostos orgânicos é bastante superior ao da oxidação parcial.
Os detalhes do curso evolutivo no planeta não podem ser deduzidos somente a partir de registros fósseis, que são escassos. Entretanto, através de comparações morfológicas e bioquímicas entre os organismos atuais, uma seqüência de eventos consistente com as evidências fósseis pode ser sugerida. Para o surgimento dos eucariotos, 3 mudanças teriam sido necessárias:
1 – surgimento de um sistema de empacotamento de DNA, compatível com o grau de expansão em comprimento da molécula
2 – compartimentalização do DNA, separando os processos de síntese de RNA da produção de proteínas
3 – associação endosimbionte que capacitou as células eucariontes primitivas a realizar o metabolismo aeróbio (mitocôndria) e a fotossíntese (cloroplasto). O modelo de teoria endosimbionte sugere que o primeiro evento de associação foi entre a célula eucarionte ancestral e bactérias aeróbias, constituindo células eucariontes aeróbias. A partir daí, a associação com cianobactérias fotossintéticas permitiu o aparecimento de células eucariontes aeróbias fotossintéticas.
Temporalizando:
4.500.000.000 – surgimento da Terra
4.000.000.000 – surgimento dos oceanos
3.500.000.000 – surgimento das bactérias fotossintéticas sulfurosas
3.000.000.000 – surgimento das bactérias fotossintéticas produtoras de O2
2.500.000.000 – surgimento das bactérias aeróbias
2.200.000.000 – atmosfera rica em O2 começa a ser formada
1.500.000.000 – surgimento dos primeiros eucariotos
1.200.000.000 – primeiras associações endosimbióticas
900.000.000 – surgimento de algas verdes e algas vermelhas
400.000.000 – diversificação dos organismos multicelulares eucariontes
ATENÇÃO
Este material consiste de uma montagem de conceitos e idéias transcritos a partir de publicações formais, tais como livros e artigos e publicações de acesso livre obtidas pela internet e que encontram-se citados abaixo:
Lehninger. Princípios da Bioquímica. Ed. Elsevier. 2007.
http://www.editorasaraiva.com.br/EDDID/CIENCIAS/biblioteca/artigos/n099602.html. acesso realizado em 20/10/2010.
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domingo, 24 de outubro de 2010

SUGESTÃO DE UMA ALUNA DA ODONTOLOGIA

Mais um recente assunto que podemos discutir em sala

bactérias resistentes KPC

Michel-Briand Y. Resistance to the latest beta-lactams: mechanisms of acquisition and spread of resistance in Enterobacteriaceae. Bull Acad Natl Med. 2007 Jan;191(1):35-50; discussion 50-1.
Abstract
Resistance to antibiotics may drastically diminish the efficacy of therapy in some clinical circumstances. The emergence of Enterobacteriaceae (Klebsiella pneumoniae, Aerobacter aerogenes, Escherichia coli) resistant to the more recent beta-lactam agents (cefepime, cefpirome, azthreonam and carbapenems) generally results from misuse of antibiotics, leading to the selection of preexisting resistant mutants. Resistance is usually due to beta-lactamase expression, through: -- mutations involving the beta-lactamase structure (TEM, SHV, OXA, CTX-M beta-lactamase families) and/or mutations of beta-lactamase synthesis regulators (AmpC beta-lactamases); or -- the appearance of new enzymes (PER, VEB, CMY, DHA-1, ACC-1, etc.). The level of resistance (particularly to carbapenems) is increased when porin mutations are associated with beta-lactamase expression. The spread of these new resistance mechanisms is amplified by mobilisation of resistance genes from the chromosome to a plasmid (SHV, CTX-M, CMY DHA-1 beta-lactamases genes) and by the location of these genes in mobile elements (integrons and transposons). The recent appearance of these mechanisms (particularly CTX-M beta-lactamases) in strains circulating in the community is a matter of concern.

Michel-Briand Y. Resistência aos mais recentes beta-lactâmicos: mecanismos de aquisição e disseminação de resistência em Enterobacteriaceae. Bull Acad Natl Med.2007 Jan; 191 (1) :35-50; discussão 50-1.
Resumo
A resistência a antibióticos pode diminuir drasticamente a eficácia da terapia em algumas circunstâncias clínicas. O surgimento de enterobactérias (Klebsiella pneumoniae, Aerobacter aerogenes, Escherichia coli) resistentes aos mais recentes agentes beta-lactâmicos (cefepima, cefipiroma aztreonam e carbapenêmicos) geralmente resulta de uma má utilização dos antibióticos, levando à seleção de mutantes resistentes preexistentes. A resistência é normalmente devido a expressão de beta-lactamases, através de: - mutações que envolvem a estrutura de beta-lactamases (TEM, SHV, OXA, família CTX-M de beta-lactamases) e/ou mutações de reguladores de síntese de beta-lactamases (AmpC beta- lactamases), ou - o surgimento de novas enzimas (PER, VEB, CMY, DHA-1, o ACC-1, etc.) O nível de resistência (particularmente aos carbapenêmicos) é aumentada quando as mutações da porina são associados com a expressão de beta-lactamases. A disseminação destes novos mecanismos de resistência é amplificada pela mobilização de genes de resistência do cromossomo para um plasmídeo (genes beta-lactamase SHV, CTX-M, CMY DHA-1) e pela localização desses genes em elementos móveis (transposons e integrons). O recente aparecimento desses mecanismos (particularmente as CTX-M beta-lactamases) em cepas circulantes na comunidade é um motivo de preocupação.


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domingo, 10 de outubro de 2010

ATUALIZAÇÃO DE DADOS



POPULAÇÃO

PROLE 

TURNO
ALUNO
AA
Aa
aa
n
X2

AA
Aa
aa
n
X2


AMANDA GONÇALVES
3
4
3
10
0,4000

6
10
4
20
0,0020


TUÍRA
4
4
2
10
0,2778

9
6
5
20
2,8125


LÍVIA
2
5
3
10
0,0010

2
14
4
20
3,4303


SHALLA
1
6
3
10
0,6250

1
10
9
20
0,7256


FERNANDA MARQUES
5
2
3
10
3,4028

8
8
4
20
0,5556


REINALDO
1
6
3
10
0,6250

2
12
6
20
1,2500


ALINE MARTINS
2
5
3
10
0,0010

3
12
5
20
0,8999


CRISTINA ADELBI
3
3
4
10
1,5519

5
10
5
20
0,0000


ALINE CARNEIRO
3
4
3
10
0,4000

6
12
2
20
1,2500


BRUNO LOPES
4
4
2
10
0,2778

6
12
2
20
1,2500


PAULA NERY
2
8
0
10
4,4444

7
10
3
20
0,0347


LUANA MOSTACATTO
2
2
6
10
2,7438

2
8
10
20
0,0454


MARIA ZENEIDE
4
3
4
11





0

DADOS INCORRETOS E INCOMPLETOS

FRANÇOISE
3
5
2
10
0,0010

7
8
5
20
0,7367


LAIS FREITAS
2
5
3
10
0,0010

4
10
6
20
0,0020


MARCIA AGUIEIRAS
2
6
2
10
0,4000

6
8
6
20
0,8000


RONI GOMES
4
3
3
10
1,5519

6
10
4
20
0,0020


MARCIA FAISSAL
2
6
2
10
0,4000

5
10
5
20
0,0000


FERNANDO LUCA
2
4
4
10
0,2778

1
6
13
20
0,0781


MARIANE ALMEIDA
3
3
4
10
1,5519

2
12
6
20
1,2500


DILSON
2
5
3
10
0,0010

3
12
5
20
0,8999


JORGE CAMPOS
2
5
3
10
0,0010

2
14
4
20
3,4303


FLAVIA FERREIRA
1
8
1
10
3,6000

5
10
5
20
0,0000


JOAO MAFRA
3
5
2
10
0,0010

4
10
6
20
0,0020


RODRIGO BRANDAO
3
5
2
10
0,0010

7
8
5
20
0,7367


THALES TORQUATO
3
4
3
10
0,4000

2
16
2
20
7,2000


ARQUIMEDES
2
5
3
10
0,0010

4
10
6
20
0,0020


CARLOS DOUGLAS
4
4
2
10
0,2778

7
10
3
20
0,0347


GABRIEL STANECK
3
5
2
10
0,0010

5
12
3
20
0,8999


NÃO SE IDENTIFICOU
2
4
2
8


7
10
3
20

NÃO PODE TER 20 NA PROLE - DADOS INCORRETOS

PRISCILA HERNANDES
3
6
1
10
0,6250

7
10
3
20
0,0347


CRISTIANE LAURENTINO
1
5
4
10
0,0978

8
4
8
20
7,2000


BEATRIZ MAGALHAES
3
4
3
10
0,4000

2
11
7
20
0,6009


KEILA XIMENES
2
6
2
10
0,4000

5
10
5
20
0,0000


AGNES RIBEIRO
2
6
2
10
0,4000

6
8
6
20
0,8000


RAONI MOREIRA
3
4
3
10
0,4000

6
10
4
20
0,0020


ALINE BARROS
5
3
2
10
1,1605

6
10
4
20
0,0020


SOLANGE MARIA
4
3
3
10
1,5519

4
14
2
20
3,4303


CRISTINA RAMOS
0
7
3
10
2,8994

2
10
8
20
0,1956


JESSICA ZONIAS
3
4
3
10
0,4000

3
14
3
20
3,2000


RENATO NEVES
5
3
2
10
1,1605

8
10
2
20
0,1956


CAROLINA BRAYNER
3
2
5
10
0,0010

3
12
5
20
0,8999


SAMUEL DIAS
3
4
3
10
0,4000

2
14
4
20
3,4303


LUANA COSTA
3
4
3
10
0,4000

4
12
4
20
0,8000


total
104
182
104
390
1,7333

184
401
195
780
0,6295


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