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domingo, 18 de setembro de 2011

ED 02

1) Comente sobre a importância da panmixia para que uma população alcance o equilíbrio de Hardy-Weinberg (EHW).

2) Considere um locus gênico que possui 5 alelos, denominados t, T0, T1, T2, e T3. O alelo t confere sensibilidade a uma droga medicamentosa e é recessivo aos demais alelos do locus, que conferem resistência a esta substância. As frequências dos alelos em uma população hipotética, que encontra-se em EHW, estão listadas abaixo:
f(t) = 0,1
f(T0) = 0,1
f(T1) = 0,2
f(T2) = 0,2
f(T3) = 0,4
Determine que parcela da população é sensível à droga.

3) Determine as frequências gênicas e genotípicas das seguintes populações:
3a) 2141 AA, 1872 Aa e 3744 aa
3b) 100 AA e 100 aa
3c) 184 AA, 213 Aa e 89 aa
3d) 31 AA, 108 Aa e 63 aa
3e) 12474 AA, 28493 Aa e 8757 aa
3f) 1730 AA, 5481 Aa e 11961 aa

4) Uma população de 10.000 indivíduos, que encontra-se em EHW, apresenta f(X) = 0,7. Quantos indivíduos possuem fenótipo dominante, sabendo que a interação gênica do locus X é de dominância completa?

5) Considere um locus gênico com 2 alelos (denominados Y e Z). Se f(Y) = 0,45 e f(Z) = 0,55, quais serão as frequências genotípicas observadas no EHW?

6) Em uma população de 1.000 indivíduos, 789 possuem fenótipo dominante. Considerando que o caracter é determinado por um par de genes com dominância completa, qual é a frequência de homozigotos recessivos?

7) Como a mutação pode alterar a estrutura genética de uma população? COmo a seleção participa deste processo?

8) Em uma espécie vegetal, a cor das flores é determinada por um par de genes com semidominância. A polinização nesta espécie é feita por um inseto que realiza visitas mais frequentes em flores de uma determinada cor. Seria possível a distribuição de frequências neste locus alcançar o EHW? Justifique.

9) Você considera que um gene deletério deve ser eliminado do pool genético de uma população? Justifique.

10) Qual é a importância da variabilidade genética?

11) Como a migração atua de forma a manter a coesão genética entre grupos populacionais?

EQUILÍBRIO DE HARDY-WEINBERG

A Genética de populações estuda a estruturação genética de grupos de indivíduos, as populações. Cada população possui um conjunto de indivíduos e estes apresentam diversos tipos de genótipos. A distribuição destes genótipos, determinados a partir da ação do componente genético, é o alvo de estudo.
No início do século XX, de forma independente, Godfrey Hardy e Wilhelm Weinberg (um matemático, o outro médico) propuseram que a distribuição aleatória de gametas em uma população conduzia a uma situação de equilíbrio de frequências nos genótipos dos indivíduos. Este princípio ficou conhecido como Lei de Hardy-Weinberg. Os pressupostos para o equilíbrio Hardy-Weinberg são:
  • é infinita (para eliminar-se a deriva genética);
  • realiza reprodução sexuada;
  • cruzamentos ocorrem ao acaso = panmixia;
  • é diplóide;
  • fêmeas e machos ocorrem em igual proporção;
  • todos os casais são capazes de reproduzir e geram quantidades equivalemntes de indivíduos na prole.
E não sofre:
  • seleção natural
  • mutações
  • migração (sem fluxo génico)
Em outras palavras, a população precisa ser infinitamente grande, reproduzir-se aleatoriamente, e também não estar sujeita a ação de forças evolutivas

Segundo esta proposta, a reprodução sexual não promove redução na variação genética, mas a mantém constante ao longo das gerações. Desta forma, o equilíbrio genético seria uma consequência direta do processo de segregação que ocorre na formação dos gametas.

Basicamente, se em uma população na qual o alelo A ocorre com frequência 0,4 (p) e o alelo a com frequência 0,6 (q), se atendidos os pressupostos de Hardy-Weiberg, teremos as seguintes distribuições de genótipos:
1 - AA - para gerar este indivíduo, o genitor masculino deve dar um alelo A e o genitor feminino deve dar o outro alelo A, em uma combinação genética entre alelos A que é única. Assim, AA = frequencia de A (p) x frequencia de A (p) = p x p = p2.
2 - Aa - para gerar este indivíduo, o genitor masculino deve dar um alelo A e o genitor feminino deve dar o alelo a, ou, alternativamente, o genitor masculino deve dar um alelo a e o genitor feminino deve dar o alelo A, em duas possibilidades de combinação entre os alelos A e a. Assim, Aa = 2 x frequencia de A (p) x frequencia de a (q) = 2 x p x q = 2pq.
3 - aa - para gerar este indivíduo, o genitor masculino deve dar um alelo a e o genitor feminino deve dar o outro alelo a, em uma combinação genética entre alelos a que é única. Assim, aa = frequencia de a (q) x frequencia de a (q) = q x q = q2.



Dessa forma, a população apresentará a seguinte distribuição: p2 + 2pq + q2.



terça-feira, 30 de agosto de 2011

ATIVIDADE PARA LAZER 01

1 - O QUE VOCÊ ENTENDE POR DISTRIBUIÇÃO DE FREQUÊNCIAS?
2 - UMA POPULAÇÃO APRESENTA 200 INDIVÍDUOS AA, 150 Aa E 100 aa. dETERMINE AS FREQUÊNCIAS GÊNICAS E GENOTÍPICAS.
3 - EM UMA POPULAÇÃO DE 2400 INDIVÍDUOS, 250 SÃO AA; 1200 Aa E OS DEMAIS aa. DETERMINE AS FREQUÊNCIAS GÊNICAS E GENOTÍPICAS DESTA POPULAÇÃO.
4 - A COR DAS FLORES DE UMA ESPÉCIE DE PAPOULAS É DETERMINADA POR UM PAR DE GENES COM SEMIDOMINÂNCIA. HÁ FLORES BRANCAS, LILÁS E ROXAS (O LILÁS É INTERMEDIÁRIO ENTRE O ROXO E O BRANCO). APÓS REALIZAR UM CRUZAMENTO EXPERIMENTAL, UM PESQUISADOR CONTABILIZOU 2134 PLANTAS COM FLORES BRANCAS, 2090 COM FLORES ROXAS E 1876 COM FLORES LILÁS. QUAIS SÃO AS FREQUÊNCIAS DOS GENES QUE DETERMINAM A COR DAS FLORES?
5 - EM UMA POPULAÇÃO EM EQUILÍBRIO DE HARDY-WEINBERG A FREQUÊNCIA DO ALELO A É DE 0,20. SABENDO QUE EXISTEM 2000 INDIVÍDUOS, QUANTOS POSSUEM GENÓTIPO HETEROZIGOTO?
6 - QUAIS SÃO OS PRESSUPOSTOS DA LEI DE HARDY-WEINBERG?
7 - A DETERMINAÇÃO DO TIPO SANGUÍNEO NO SISTEMA ABO É FEITA POR UM LOCUS COM 3 ALELOS: IA, IB E i. OS ALELOS IA E IB SÃO CODOMINANTES ENTRE SI, MAS EXERCEM DOMINÂNCIA SOBRE O ALELO i. RESPONDA:
A) QUANTOS TIPOS SANGUÍNEOS (FENÓTIPOS) PODEMOS TER NA POPULAÇÃO?
B) QUANTOS GENÓTIPOS PODEM SER ENCONTRADOS NA POPULAÇÃO?
8) SE A FREQUÊNCIA DO ALELO a É DE 0,75 EM UMA POPULAÇÃO EM EQUILÍBRIO DE HARDY-WEINBERG, QUAIS SERIAM AS FREQUÊNCIAS DOS GENÓTIPOS?
9) DETERMINE AS FREQUÊNCIAS GÊNICAS E GENOTÍPICAS PARA UMA POPULAÇÃO NA QUAL 121 INDIVÍDUOS POSSUEM GENÓTIPO BB; 235 GENÓTIPO Bb E 109 GENÓTIPO bb

ARREDONDAMENTO

Arredondamento de dados
De acordo com a resolução 886/66 do IBGE, o arredondamento é feito da seguinte maneira:
1 - Quando o primeiro algarismo a ser abandonado é 0,1,2,3 ou 4, fica inalterado o último algarismo a permanecer.
Ex: 53,24 passa a 53,2    ;    44,03 passa a 44,0   

2 - Quando o primeiro algarismo a ser abandonado é 6,7,8, ou 9, aumenta-se de uma unidade o algarismo a permanecer.
Ex: 53,87 passa a 53,9    ;    44,08 passa a 44,1  ;   44,99 passa a 45,0

3 - Quando o primeiro algarismo a ser abandonado é 5, há duas soluções:
a) Se ao 5 seguir em qualquer casa um algarismo diferente de zero, aumenta-se uma unidade ao algarismo a permanecer.
Ex: 2,352 passa a 2,4    ;    25,6501 passa a 25,7  ;   76,250002 passa a 76,3
b) Se o 5 for o último algarismo ou se ao 5 só se seguirem zeros, o último algarismo a ser conservado só será aumentando de uma unidade se for ímpar.
Exemplos:
  • 24,75 passa a 24,8
  • 24,65 passa a 24,6
  • 24,75000 passa 24,8
  • 24,6500 passa a 24,6
Obs: Não devemos nunca fazer arredondamento sucessivos. Exemplo: 17,3452 passa a 17,3 e não para 17,35 e depois para 17,4

FREQUÊNCIAS GÊNICAS E GENOTÍPICAS

A Genética de Populações consiste no estudo da origem e do destino da variação genética de um grupo populacional. As premissas adotadas são:
- material genético pode ser replicado
- material genético pode variar (mutar e recombinar)
- o fenótipo resulta da interação do genótipo com o ambiente

Alguns conceitos básicos de genética são importantes:
que tal você buscar uma definição para cada um destes termos e relembrá-los? em caso de dúvida, discutimos em sala, ok?
gene
genótipo
fenótipo
alelo
locus
polimorfismo
homólogo

gametas geram zigotos
zigotos formam adultos
adultos produzem gametas

A base da genética das populações reside neste paradigma: em termos genéticos, somos o resultado do que foi transmitidos pelos nossos ancestrais, tendo recebido estas informações a partir de nossos genitores.
Uma população é a unidade básica da evolução. Caracteristicamente as populações possuem continuidade genética no tempo (interconexões das gerações sucessivas) e no espaço (intercruzamento dos membros). Isto quer dizer que as informações genéticas, incluindo suas variações, são continuamente intercambiadas ao longo das sucessivas gerações.
Os genes presentes nos indivíduos compõe um conjunto coletivo, o pool genético, que é populacional. Assim, apesar de cada indivíduo consistir em uma unidade genética (uma combinação única de genes), a população é o elemento que apresenta todas as possibilidades e variações para o genoma.

Distribuição de frequências
Para um dado locus, a constituição genética do grupo resulta da distribuição de suas composições genotípicas individuais, ou seja, cada um dos genótipos presentes corresponde a uma parcela (fração) da população
Assim, em um locus autossômico que possui dois alelos (A e a), temos os seguintes genótipos:
AA - cuja frequência é representada por f(AA)
Aa - cuja frequência é representada por f(Aa)
aa - cuja frequência é representada por f(aa)
Como os genótipos são formados a partir de combinações de alelos, podemos identificar no grupo populacional a participação de cada combinação (incluindo as variantes do gene estudado) no conjunto de indivíduos. Assim, as frequências genotípicas refletem a ocorrência de cada um dos genótipos nas estruturação da população. Em uma população com N indivíduos, cada genótipo contará com n(genótipo) indivíduos. O valor de N sempre será dado pela soma dos indivíduos da população.
Por exemplo:
200AA
100Aa
200aa

N = AA + Aa + aa
N = 200 + 100 + 200
N = 500

f(AA) = n(AA)/N
f(AA) = 200/500
f(AA) = 0,4

f(Aa) = n(Aa)/N
f(Aa) = 100/500
f(Aa) = 0,2

f(aa) = n(aa)/N
f(aa) = 200/500
f(aa) = 0,4
Como os genótipos possíveis para um locus autossômico com dois alelos são AA, Aa e aa, se somarmos suas frequências, obrigatoriamente chegaremos à unidade, ou seja 100% da população. Desta forma,  
f(AA) + f(Aa) + f(aa) = 1,0

Em nosso exemplo, f(AA) = 0,4; f(Aa) = 0,2 e f(aa) = 0,4. Logo,
0,4 + 0,2+ 0,4 = 1,0

A frequência gênica (ou alélica) é definida como a proporção de um determinado tipo de alelo em relação ao conjunto de alelos do locus em questão. O somatório das frequências dos alelos de um locus resulta na totalidade (100%) de alelos. Podemos determinar as frequências gênicas de duas formas, ambas a partir da avaliação dos alelos presentes nos genótipos. Em um método, derivamos a frequência dos alelos a partir das frequências dos genótipos. No outro, determinamos de forma direta a frequência dos alelos na população.

quinta-feira, 18 de agosto de 2011

SEMESTRE LETIVO 2011-2

Olá todos
Desculpem a demora na postagem do cronograma de curso, mas tive que aguardar a confirmação de datas para as avaliações. Desta forma, ficamos assim:


Aula
Mês
Dia
Conteúdo
01
08
15
Apresentação do curso. Genética e evolução
02
22
Os genes nas populações
03
29
Frequências gênicas e genotípicas
04
09
05
Equilíbrio de Hardy e Weinberg
05
12
Ação das forças evolutivas I
06
19
Ação das forças evolutivas II
Prática 1
07
26
Prova 1
08
10
03
Prática 2
09
10
Linhas de pensamento evolutivo
Entrega do relatório de aulas práticas.
10
17
Teoria da Evolução Química Gradual
11
24
Principais Teorias Evolutivas I
12
31
Principais Teorias Evolutivas II
13
11
07
Biodiversidade e evolução
14
14
Evolução Humana I
15
21
Evolução Humana II
16
28
Seminários
17
12
05
Prova 2. Entrega do trabalho.
18
12
Segunda chamada (P1 e P2)
19
19
Prova final

segunda-feira, 20 de dezembro de 2010

ATENÇÃO MANHÃ

AS NOTAS DA TURMA DA MANHÃ JÁ ESTÃO DISPONÍVEIS NO SISTEMA. BOAS FÉRIAS & BOAS FESTAS À TODOS!

quarta-feira, 15 de dezembro de 2010

notas

prezados todos
as notas de P2 e VEA já estão disponíveis no sistema - e referem-se a nota total da avaliação. não existe lançamento no sistema de nota parcial.
um abraço, boas férias aos que passaram direto e até semana que vem para os que farão a final

terça-feira, 30 de novembro de 2010

SÍNTESE DE NUCLEOTÍDEOS NA ERA PRÉ-BIÓTICA

Pois bem, haviámos comentado em sala sobre o trabalho de Powner et al. (2009) sobre a síntese de pirimidinas.



Nature. 2009 May 14;459(7244):239-42.
Synthesis of activated pyrimidine ribonucleotides in prebiotically plausible conditions.
Powner MW, Gerland B, Sutherland JD.
School of Chemistry, The University of Manchester, Oxford Road, Manchester M13 9PL, UK.
Comment in:
·                     Nature. 2009 May 14;459(7244):171-2.
Abstract
At some stage in the origin of life, an informational polymer must have arisen by purely chemical means. According to one version of the 'RNA world' hypothesis this polymer was RNA, but attempts to provide experimental support for this have failed. In particular, although there has been some success demonstrating that 'activated' ribonucleotides can polymerize to form RNA, it is far from obvious how such ribonucleotides could have formed from their constituent parts (ribose and nucleobases). Ribose is difficult to form selectively, and the addition of nucleobases to ribose is inefficient in the case of purines and does not occur at all in the case of the canonical pyrimidines. Here we show that activated pyrimidine ribonucleotides can be formed in a short sequence that bypasses free ribose and the nucleobases, and instead proceeds through arabinose amino-oxazoline and anhydronucleoside intermediates. The starting materials for the synthesis-cyanamide, cyanoacetylene, glycolaldehyde, glyceraldehyde and inorganic phosphate-are plausible prebiotic feedstock molecules, and the conditions of the synthesis are consistent with potential early-Earth geochemical models. Although inorganic phosphate is only incorporated into the nucleotides at a late stage of the sequence, its presence from the start is essential as it controls three reactions in the earlier stages by acting as a general acid/base catalyst, a nucleophilic catalyst, a pH buffer and a chemical buffer. For prebiotic reaction sequences, our results highlight the importance of working with mixed chemical systems in which reactants for a particular reaction step can also control other steps.

Quentinho do forno da ciência, o grupo investe na avaliação da síntese de purinas em condições plausíveis para a era pré-biótica em um artigo recém publicado!
J Am Chem Soc. 2010 Nov 24;132(46):16677-88. Epub 2010 Nov 2.

Chemoselective multicomponent one-pot assembly of purine precursors in water.

Powner MW, Sutherland JD, Szostak JW.
Howard Hughes Medical Institute and Department of Molecular Biology and Center for Computational and Integrative Biology, Massachusetts General Hospital, 185 Cambridge Street, Boston, Massachusetts 02114, United States, and MRC Laboratory of Molecular Biology, Hills Road, Cambridge, CB2 OQH United Kingdom.

Abstract

The recent development of a sequential, high-yielding route to activated pyrimidine nucleotides, under conditions thought to be prebiotic, is an encouraging step toward the greater goal of a plausible prebiotic pathway to RNA and the potential for an RNA world. However, this synthesis has led to a disparity in the methodology available for stepwise construction of the canonical pyrimidine and purine nucleotides. To address this problem, and further explore prebiotically accessible chemical systems, we have developed a high-yielding, aqueous, one-pot, multicomponent reaction that tethers masked-sugar moieties to prebiotically plausible purine precursors. A pH-dependent three-component reaction system has been discovered that utilizes key nucleotide synthons 2-aminooxazole and 5-aminoimidazoles, which allows the first divergent purine/pyrimidine synthesis to be proposed. Due to regiospecific aminoimidazole tethering, the pathway allows N9 purination only, thus suggesting the first prebiotically plausible mechanism for regiospecific N9 purination.


Links para os artigos



segunda-feira, 29 de novembro de 2010

EVOLUÇÃO QUÍMICA GRADUAL

Na década de 50, Stanley Miller demonstrou, em um experimento simples, que compostos orgânicos tais como aminoácidos, ácidos hidroxílicos, aldeídos e hidrocianeto poderiam ser espontaneamente formados a partir de uma mistura de amônia, metano, hidrogênio e vapor de água que fosse aquecida e sujeita a descargas elétricas. As moléculas simples forneceriam os átomos necessários à composição das moléculas ao passo que o calor e as descargas elétricas seriam responsáveis pela energia necessária para estabelecimento das ligações químicas. Nesta hipótese, os elementos básicos para existência de vida na forma como a concebemos (carbono, hidrogênio, oxigênio e nitrogênio) estariam disponíveis na própria atmosfera. Segundo esta teoria, a origem das moléculas orgânicas é abiótica.
Neste cenário, a evolução molecular e a transição para a vida requereram um papel preponderante da molécula de RNA, em um modelo conhecido como “mundo do RNA”. Assim, nem DNA nem proteínas foram os elementos responsáveis pelo salto da evolução, e sim a molécula de RNA, que possivelmente cumpriu simultaneamente os papéis de “primeiro gene” e “primeira enzima”. Esta linha de pensamento é corroborada pelos seguintes fatos: i) desde a década de 80 são conhecidos RNAs com poder catalítico, também chamados ribozimas e ii) diversos vírus (eg. família Retroviridae) possuem RNA como material genético. Desta forma, o sistema de codificação das informações no DNA seria posterior ao RNA.
Este modelo propõe que a informação necessária para o surgimento da vida teria se estabelecido em etapas:
1 – criação da sopa pre-biótica rica em compostos orgânicos produzidos naturalmente a partir dos elementos inorgânicos da atmosfera
2 – produção de pequenas moléculas de RNA, com seqüências aleatórias
3 – surgimento de moléculas catalíticas de RNA e replicação seletiva
4 – síntese de peptídeos específicos catalisada por RNAs – algumas moléculas de RNA seriam “específicas” para conectar aminoácidos e formar cadeias peptídicas maiores.
5 – incremento do papel funcional dos peptídeos na replicação de RNA, com co-evolução de RNA e proteínas em um sistema de seleção química por atividade funcional
6 – desenvolvimento de sistemas simples de tradução, possivelmente baseado em associação de RNA e proteínas
7 – formação de moléculas de DNA a partir do RNA, possivelmente com catalise mediada por uma molécula de RNA
8 – estabelecimento do DNA como material informacional

O recente (2009) relato da síntese de novo de pirimidinas revela uma nova perspectiva para a demonstração do surgimento da molécula de DNA e, consequentemente, da vida. A maior dificuldade, nessa hipótese, é a de aceitar que uma evolução química gradual (e casual) das moléculas presentes nos mares tenha sido responsável pelo surgimento de uma estrutura tão complexa e específica como um organismo vivo, mesmo que primitivo. Biólogos costumam rebater o argumento da seguinte forma: o aparecimento da vida dessa maneira é realmente um evento de muito baixa probabilidade; no entanto, em termos estatísticos, devido ao tempo muito longo disponível, o número de "tentativas" químicas foi praticamente infinito. Assim, o fenômeno da vida acabaria fatalmente ocorrendo, sendo apenas uma questão de se esperar o suficiente. O princípio seria o mesmo daquilo que ocorre quando se objetiva sortear uma única bola vermelha de um saco com um milhão de bolas, todas as demais pretas: se o número de tentativas for suficientemente grande, acabaremos conseguindo sortear a bola que nos interessa.
Assumindo, então, este processo gradual e ao acaso, no ambiente da sopa primordial, rica mistura de compostos orgânicos das mais variadas estruturas químicas, surgiram as primeiras formas de vida quimiotróficas. O salto evolutivo seria associado ao surgimento dos primeiros pigmentos, capazes de capturar energia da luz e fixar carbono em moléculas orgânicas. Surge, então, o autotrofismo. Supõe-se que o doador de elétrons primário tenha sido o H2S, e que o sistema tenha evoluído para o uso da água, com liberação de oxigênio. Estes processos iniciais surgiram em um ambiente com pouco oxigênio molecular, sendo, então, basicamente processos anaeróbios. O aumento da concentração de oxigênio na atmosfera representou outro salto evolutivo, já que o O2 é um potente oxidante e um veneno letal para os anaeróbios. Além disso, o rendimento energético da oxidação total de compostos orgânicos é bastante superior ao da oxidação parcial.
Os detalhes do curso evolutivo no planeta não podem ser deduzidos somente a partir de registros fósseis, que são escassos. Entretanto, através de comparações morfológicas e bioquímicas entre os organismos atuais, uma seqüência de eventos consistente com as evidências fósseis pode ser sugerida. Para o surgimento dos eucariotos, 3 mudanças teriam sido necessárias:
1 – surgimento de um sistema de empacotamento de DNA, compatível com o grau de expansão em comprimento da molécula
2 – compartimentalização do DNA, separando os processos de síntese de RNA da produção de proteínas
3 – associação endosimbionte que capacitou as células eucariontes primitivas a realizar o metabolismo aeróbio (mitocôndria) e a fotossíntese (cloroplasto). O modelo de teoria endosimbionte sugere que o primeiro evento de associação foi entre a célula eucarionte ancestral e bactérias aeróbias, constituindo células eucariontes aeróbias. A partir daí, a associação com cianobactérias fotossintéticas permitiu o aparecimento de células eucariontes aeróbias fotossintéticas.
Temporalizando:
4.500.000.000 – surgimento da Terra
4.000.000.000 – surgimento dos oceanos
3.500.000.000 – surgimento das bactérias fotossintéticas sulfurosas
3.000.000.000 – surgimento das bactérias fotossintéticas produtoras de O2
2.500.000.000 – surgimento das bactérias aeróbias
2.200.000.000 – atmosfera rica em O2 começa a ser formada
1.500.000.000 – surgimento dos primeiros eucariotos
1.200.000.000 – primeiras associações endosimbióticas
900.000.000 – surgimento de algas verdes e algas vermelhas
400.000.000 – diversificação dos organismos multicelulares eucariontes
ATENÇÃO
Este material consiste de uma montagem de conceitos e idéias transcritos a partir de publicações formais, tais como livros e artigos e publicações de acesso livre obtidas pela internet e que encontram-se citados abaixo:
Lehninger. Princípios da Bioquímica. Ed. Elsevier. 2007.